东北地区气温极低，常出现极端低温-20℃以下的情况，冬季苗圃的主要管理工作是防寒，尤其是小苗和外来树种。
　　冬灌 其中珍贵树种、新栽苗木、小苗是冬灌的重点。在高寒地区树木浇封冻水后，基部还应培土，草坪和矮灌木需用稻草或草帘覆盖，这对越冬防寒、抗生理干旱、春季返青极为有利。
　　清园 清除圃内枯枝、落叶及杂草（积肥或烧毁），不但利于冬季防火，而且可以清除病虫寄居地。
　　防寒 防寒对象是新引进的苗木及本地的边缘树种。如紫杉，松柏类小苗，它们在天然的林下环境越冬良好，但在苗圃露天育苗必须防寒。银杏、美国红叶槭、日本樱花等外来苗木不防寒就会冻死。
苗圃内的苗木主要使用覆盖法，如紫杉、松柏、外地引种苗和当年扦插越冬苗，用土、沙、雪、草帘、树叶、稻草覆盖。第二年春季去掉覆盖物；绿化矮苗如绣线菊、金叶莸、紫叶矮樱、金叶红瑞木等用土、沙和积雪全覆盖或半覆盖，第二年春季撤覆盖物时，土、沙、别撤干净，留一部分更利于植物生长；对于大苗，只能在树木基部埋雪和培土，特别是埋雪既有利于越冬又可抵御春旱。
　　修剪整形 有的大苗需截干、疏枝等（如银中杨树冠易过大、枝过密，风大易倒伏）。结合树木修剪清除枝干上的虫卵。剪去过密枝、病虫枝、枯弱枝、徒长枝，可减少病虫害，促进生长发育，要求剪口不劈裂，直径两厘米以上需抹铅油。